好氧菌和厌氧菌的主要区别在于它们对氧气的需求不同。好氧菌在有氧环境中生长繁殖，它们通过有氧呼吸过程利用分子氧作为终电子受体，产生能量。好氧菌在缺乏氧气的情况下通常不能生长。厌氧菌则在无氧条件下比在有氧环境中生长得更好，它们通过无氧呼吸或发酵过程产生能量，因为它们不能在存在氧气的情况下生存。